Флаг Коноковского СП утвержден решением № 219 Совета Коноковского сельского поселения Успенского района от 5 марта 2013 года и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 8161. Описание флага:

Описание флага.
"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Коноковского сельского поселения Успенского района в синем (голубом), зеленом, белом, черном и желтом цветах".
Обоснование символики герба и флага.
Герб и флаг языком символов и аллегорий отражают природные экономические и культурные особенности сельского поселения.
Лазоревый (синий, голубой) цвет символизирует чистое небо честь искренность, добродетель, возвышенные устремления, а также этот цвет является цветом Пресвятой Богородицы. Именно храм Покрова Пресвятой Богородицы, построенный в селе Коноково, является достопримечательностью и гордостью, на что аллегорически указывает изображение серебреного (белого) Покрова поддерживаемого ангелами.
Лазоревая (синяя, голубая) глава в гербе аллегорически указывает на пеку Кубань, вдоль берега которой, расположилось село Коноково.
Серебро (белый цвет) символизирует миролюбие, чистоту помыслов, порядочность, внутреннюю гармонию.
Зеленый цвет символизирует жизнь, надежду, здоровье, сельское хозяйство, красоту окружающей природы. Зеленый цвет также аллегорически указывает на то, что село Коноково утопает в зелени деревьев и кустов.
Пшеничные колосья символизируют аграрную направленность хозяйств поселения, основанную на выращивании зерновых.
Золотые (желтые) бруски (кирпичи) указывают на залежи глины на землях поселения, которые позволили создать в селе Коноково, еще в начале 20 века, кирпичный и черепичные заводы.
Золото (желтый цвет) – символ величия, достатка и процветания.
Черно-серебряный узкий пояс аллегорически указывает на железнодорожную станцию и железную дорогу, благодаря которым началось интенсивное развитие села Коноково.
Черный цвет символизирует постоянство, осторожность и мудрость.
Автор герба, изображение и обоснование символики: В. Нагаевский (г. Тихорецк)

Материалы предоставлены М.Шаруновым