Флаг Котово утвержден Постановлением Котовской городской думы № 133/20 от 25 января 2007 года.

"Флаг г. Котово представляет собой полотнище, ширина и длина которого соотносятся как 2:3, воспроизводящее символику герба г. Котово. Оборотная сторона флага является зеркальным отображением его лицевой стороны".

На пурпурном полотнище флага изображался синий крест с золотой окантовкой, в пурпурном щитке с золотой окантовкой золотой кот, держащий на полотенце хлеб-соль. Крест сопровождается изображениями пшеничных колосьев, пламенами, символизирующими нефтедобычу, солонки.

Постановлением Котовской городской Думы от 4 октября 2007 г. № 172/26 герб Котово был упрощён. Соответственно изменился и флаг.

"Флаг г. Котово представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба г. Котово в темно-красном и желтом цветах. Оборотная сторона флага является зеркальным отображением его лицевой стороны. Цветное изображение флага дано в приложении 5 к Постановлению Котовской городской Думы от 04.10.2007 № 172/26.

Флаг внесён в Государственный геральдический регистр РФ под №3650.