Флаг сельсовета утвержден решением Кожановского сельского Совета депутатов от 19 июня 2015 года № 41-1Р. Флаг внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 10575.

2.1. Описание флага Кожановского сельсовета:
"Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры из герба Кожановского сельсовета, выполненные красным, белым и синим цветом".
2.2. Рисунок флага Кожановского сельсовета приводится в приложении, являющемся неотъемлемой частью настоящего Положения.
2.3. Обоснование символики флага Кожановского сельсовета.
Герб Кожановского сельсовета отражает главное богатство территории – Кожановское месторождение минеральных вод. Благодаря источнику и расположенному рядом с ним санаторию «Красноярское Загорье» территория является визитной карточкой Балахтинского района.
Красный цвет аллегорически отображает название санатория «Красноярское Загорье». Червлень (красный цвет) – символ красоты мест, окружающих населенный пункт, очень популярных среди отдыхающих, приезжающих из разных областей Сибири, наслаждающихся свежим воздухом, прозрачной водой рек, чистой природой, богатством лесов.
Красный цвет является символом труда, жизнеутверждающей силы, мужества, праздника.
Синий фонтан с одиннадцатью струями символизирует количество лечебных свойств минеральной воды Кожановского месторождения, которые приносят людям здоровье на долгие годы.
Форма фонтана в виде сердца:
– символизирует любовь жителей Кожановского сельского поселения к своей малой Родине;
- символизирует лечебные свойства минеральных источников, способствующих поддержанию здоровья людей, где левая и правая стороны фонтана означают два основных направления санатория «Красноярское Загорье» – кардиологическое и лечение желудочно-кишечного тракта.
Синий цвет (лазурь) – символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.
Серебряная - «березовая» гора – это гора Джелондаг, на склоне которой в березовой роще расположен санаторий.
Белый цвет (серебро) – символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания, открытости, божественной мудрости и примирения.
2.4. Авторская группа:
идея флага: Юлия Емельянова, Олеся Метелкина, Ирина Рыжако, Александр Рыжако (все - с.Кожаны), Владимир Дюков (Красноярск), Константин Моченов (Химки);
художник и компьютерный дизайн: Оксана Афанасьева, Анна Гарсия (обе - Москва).

По информации В. Пермякова