Флаг Красноярского района разработан "Союзом геральдистов России" и утвержден 24 ноября 1998 года. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр под №416.

Флаг повторяет композицию исторического герба уездного города Красного Яра (1846). На синем полотнище изображены золотая корона, украшенная рубинами и изумрудами, под ней золотая сабля, ниже пурпурное евангелие с серебряными украшениями. Отношение длины полотнища к его ширине - 3:2.