Решением городской Думы Краснодара от 23 сентября 2003 года (№38) "О флаге города Краснодара" были утверждены эскиз флага города и Положение о флаге. Решение подписал Глава администрации города Краснодара Н.В.Приз. Согласно Положению о флаге Краснодара:

"1. Флаг города Краснодара является официальным символом муниципального образования город Краснодар и представляет собой прямоугольное полотнище, разделенное по диагоналям на четыре треугольных поля: верхнее - синего, левое и правое - малинового, нижнее - зеленого цвета с двухсторонним изображением в центре флага герба города Краснодара, выполненного в малом, одноцветном варианте - золотым цветом. Размер герба 1/3 ширины флага, отношение сторон 7:8. Отношение ширины флага к его длине - 2:3.
Четырехчастное деление городского флага символизирует административно-территориальное деление города Краснодара на четыре округа. Цветовое решение городского флага: малиновый - символ кубанского казачества, труда, жизнеутверждающей силы, храбрости, геройства, мужества, энергии, красоты и праздника; зеленый - символ жизни и изобилия, возрождения, весны, плодородия, надежды, радости и здоровья; синий - символ реки Кубань; золотой (желтый) - символ богатства, величия, доблести, прочности, справедливости, великодушия, уважения".

Автор проекта флага - Валерий Жалов (г.Краснодар).

Вероятно при подготовке текста Положения произошла ошибка: размер герба задан равным 1/3 ширины полотнища, тогда как на авторском рисунке В.Жалова и на всех фактически изготовленных флагах - 1/3 длины.

Текст Положения о флаге и авторский рисунок предоставлен "Вексиллографии" разработчиком флага Валерием Жаловым

В 2006 году власти Краснодара решили изменить флаг. Было рассмотрено большое количество предложений. Наконец, по рекомендациям специалистов Геральдического совета при президенте РФ были отобраны три наиболее удачных проекта. Краснодарские власти посчитали наиболее подходящим городу жёлто-белый биколор с элементами герба в центре.

Использованы сообщения М.Шарунова в конференции "Руссовекс"

Новый флаг Краснодара утверждён Решением городской Думы Краснодара от 13 июля 2006 года (№ 13 п.8, "О флаге муниципального образования город Краснодар"), в тексте Положения флаг описан следующим образом:

"Геральдическое описание и обоснование символики флага муниципального образования город Краснодар
3.1. Описание флага муниципального образования город Краснодар
"Флаг муниципального образования город Краснодар представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух горизонтальных равновеликих полос желтого внизу и белого вверху цветов. В центре флага помещена красная крепостная стена с двумя выходящими по сторонам башнями, на которые опирается лапами черный двуглавый орел, коронованный тремя желтыми Императорскими коронами, на груди которого в красном щите обращенный влево всадник на коне, поражающий копьем обращенного и обернувшегося черного крылатого змия. Поверх стены красный с желтой каймой сердцевой щиток, и в нем коронованный вензель Екатерины II желтого цвета".
3.2. Флаг муниципального образования город Краснодар разработан на основе герба муниципального образования город Краснодар и отражает исторические особенности города.
Изображение на флаге крепостной стены символизирует Екатеринодарскую крепость. Желтый вензель императрицы Екатерины II говорит о том, что город был назван Екатеринодаром в ее честь.
Желтый цвет - цвет богатства, символ могущества, веры, знатности, постоянства, прочности.
Белый цвет - цвет чистоты, правдивости, благородства.
Красный цвет - символ любви, мужества, смелости, великодушия.
Черный цвет - мудрости, осторожности, постоянства".

По информации М.В.Ревнивцева со ссылкой на справочную систему "Гарант"

Авторская группа: Идея флага: Игорь Коломийцев (Краснодар), Александр Бурмагин (Краснодар). Компьютерный дизайн: Дмитрий Чепурненко (Краснодар), Лариса Панасюк (Краснодар). Флаг внесён в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 2638 в октябре 2006 года.