Флаг района утвержден Решением Совета МО "Красночикойский район" №75 от 28 июня 2011 года и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 7160.

"Прямоугольное зеленое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, с красной полосой вдоль верхнего края шириной в 3/10 полотнища, на полосе изображена желтая часть кедровой ветви с шишками и иглами, посередине зеленой части - стоящий желтый соболь из герба района».

"Обоснование символики флага Красночикойского района.
Флаг разработан на основе герба Красночикойского района.
Красночикойский район расположен в юго-западной части Забайкальского края в зоне предгорной тайги, в бассейне озера Байкал и имеет высокую природоохранную значимость.
Символика красной полосы многозначна:
- красная полоса отсылает к названию района - Красночикойский, делая композицию флага гласной.
- деление щита на красную главу и зеленое поле - образ географии района, где практически все населенные пункты расположены на севере района по автомобильной трассе Усть-Урлук - Ядрихино, проходящей через всю территорию района. На территории района созданы Ацинский заказник, Буркальский заказник, Сохондинский заповедник, проектируется Чикойский национальный парк. Дополняют символику желтые (золотые) кедровая ветвь и соболь указывая на природное богатство края и его гордость - кедровые леса и пушного зверя. Так, чикойский соболь отличается уникальным цветом меха
- сочетание красного и зеленого цвета - аллегория государственной границы, южная граница района является государственной границей России с Монголией; зеленый и красный цвет - цвет пограничных столбов.
Желтый цвет (золото) - символ богатства, стабильности, урожая, интеллекта и уважения.
Красный цвет - символ силы, мужества, труда, красоты и праздника.
Зеленый цвет - символ природы, здоровья, молодости, жизненного роста.
Авторская группа:
идея флага: Константин Моченов (Химки);
художник и компьютерный дизайн: Оксана Афанасьева (Москва);
обоснование символики: Кирилл Переходенко (Конаково).

По сообщению Б.Вольфова и по материалам сайта СГР