Красноселькупский район создан в 1944 году. С 1996 года на территории района создано муниципальное образование. В ходе муниципальной реформы в составе района созданы МО со статусом сельских поселений: село Красноселькуп, Толькинское, село Ратта. В 2021 году муниципальный район преобразован в муниципальный округ, но в названии округа сохранено слово "район". Административный центр района - село Красноселькуп.

Флаг Красноселькупского района утвержден решением Собрания представителей МО Красноселькупский район № 55 "О символике (гербе и флаге) муниципального образования Красноселькупский район" от 1 декабря 1999 года. Описание флага:

Флаг МО Красноселькупский район представляет собой алое (червленое) с синей полосой по нижнему краю в 1/5 ширины полотнище с отношением ширины к длине как 2:3, несущее изображение фигур герба района, с зеленой полосой вдоль древка флага в 1/5 длины флага с тремя серебряными малыми вольными опрокинутыми стропилами, соединенными в опрокинутое стропило же в столб.

Композиция флага района повторяет композицию герба. У древка на зеленой вертикальной полосе три белых элемента национального орнамента.

Флаг внесён в Государственный геральдический регистр под №646

Изображение флага предоставлено М.В.Ревнивцеву начальником отдела информатизации Администрации г.Салехарда И.В.Мельниковым.

Решением Районной Думы Красноселькупского района № 316 от 25 марта 2015 года "Об утверждении Положения о флаге МО Красноселькупский район" существующий флагподтверждён.

2.1. Геральдическое описание флага района гласит:
"Флаг района представляет собой алое с синей полоской по нижнему краю 1/5 полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее изображение фигур герба района, с зеленой полосой вдоль древка в 1/5 флага с тремя серебряными малыми вольными опрокинутым стропилами, соединенными в опрокинутое стропило же в столб.
2.2. Флаг района отражает его природные богатства, пушной промысел и рыболовство местного коренного населения, о чем говорят фигуры ели, медведя, соболя и рыбы.
Звери, развернутые в разные стороны символически отражают то, что Красноселькупский район находится на старинной земле Мангазее, являющейся центром России (то есть стоят в центре и смотрят вокруг себя).
Геральдическая многостропильная фигура отображает фрагмент селькупского орнамента, показывая место расположения в Ямало-Ненецком автономном округе.
Красный цвет поля – символ красоты и мужества, а также говорит о названии района.
Серебряный цвет в гербе говорит о бескрайних северных просторах. Серебро в геральдике – символ простоты, совершенства, мудрости, благородства, мира и взаимного сотрудничества.
Богатство недр земли – месторождение природного газа, символически отображены пламенем. Пламя также символ очага и дома.
Золото – символ прочности, силы, великодушия, богатства и солнечного рассвета.
Зеленая ель символизирует богатую природу района, его леса. Зеленый цвет также символ надежды, благополучия и здоровья.
Голубой цвет и рыба показывают то, что район расположен на берегах северных рек, богатых рыбой. Голубой цвет - символ искренности, чести, славы, преданности, истины и добродетели; символ неба, высоты и глубины.

По сообщению В. Пермякова

После преобразования муниципального района в муниципальный округ Решением от 21 июня 2022 года № 111 и 112 в качестве герба и флага муниципального округа «Красноселькупский район» решено использовать бывшие герб и флаг бывшего Красноселькупского (муниципального) района.

"Гербовый курьер", №1, 2022