Красноселькупский район создан в 1944 году. С 1996 года на территории района создано муниципальное образование. В ходе муниципальной реформы в составе района созданы МО со статусом сельских поселений: село Красноселькуп, Толькинское, село Ратта. Административный центр района - село Красноселькуп.

Композиция флага района повторяет композицию герба. На красном фоне изображены стоящие обернувшиеся золотые медведь и соболь, держащие чашу в виде национального орнамента, из которой выходят языки пламени. Между фигурами медведя и соболя зеленая ель. На голубой полосе вдоль нижней кромки флага белая рыба. У древка на зеленой вертикальной полосе три белых элемента национального орнамента.

Флаг внесён в Государственный геральдический регистр под №646

Изображение флага предоставлено М.В.Ревнивцеву начальником отдела информатизации Администрации г.Салехарда И.В.Мельниковым.