Флаг района утвержден Решением Краснотуранского районного Совета депутатов от 28 мая 2013 года № 29-228р. Внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 8515 Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №8515.

"Прямоугольное двухстороннее полотнище красного цвета с отношением ширины к длине 2:3, в центре полотнища изображены фигуры из герба Краснотуранского района: вверху - белый, бегущий иноходью конь, под ним - поставленная на низ полотнища желтая бревенчатая крепость".

Обоснование символики флага Краснотуранского района.
Освоение территории Краснотуранского района началось со строительства в 1707 году второго Абаканского острога (первый был построен на территории нынешнего города Абакан), положившего начало старому селу Абаканскому, переименованному в Краснотуранск. Краснотуранский район был образован в 1924 году и до 1933 года именовался Абаканским районом. Краснотуранский район расположен на правом берегу р. Енисей. В связи со строительством Красноярской ГЭС (1960-е годы) и образованием Красноярского водохранилища село Краснотуранск было перенесено из зоны затопления на более высокую часть Туранской гряды. Во все годы местное население занималось в основном земледелием и животноводством. В настоящее время Краснотуранский район занимает ведущее место в Красноярском крае по количеству сельхозугодий и объему сельхозпродукции. В животноводстве основной упор делается на увеличение кормовой базы, модернизацию ферм, улучшение племенного состава скота. В Краснотуранском районе развито разведение элитных пород лошадей. ЗАО "Тубинск" и племзавод "Краснотуранский" успешно развивают племенное коневодство, поставляя лошадей во многие хозяйства Краснотуранского района и Красноярского края.
Символика флага Краснотуранского района многозначна:
- конь - символ животноводства. Конь - гордое, красивое животное, незаменимый помощник человека во всех его делах и на поле брани, и при освоении новых земель, и в трудовых буднях;
- крепость - символ острога Абаканский, который стал первым русским поселением на юге Красноярского края. Открытая арка ворот - символ гостеприимства и доверия жителей района;
Красный цвет - гласно отражает часть названия района, а также является символом труда, мужества, жизнеутверждающей силы, красоты и праздника.
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения.
Желтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, богатства, урожая.
Авторская группа:
Идея: Валерий Емельянов (с. Краснотуранск).
Вексиллологическая доработка: Константин Моченов (Химки).
Художник и компьютерный дизайн: Анна Гарсия (Москва).
Обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки).

По сообщению А.Юрасова.