Флаг Кюкяйского наслега утвержден решением наслежного Совета депутатов № 2 от 11 апреля 2018 года. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 11821.

Описание флага:
Прямоугольное полотнище соотношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба муниципального образования «Кюкяйский наслег» в красном, зеленом, синем, желтом и белом цветах.
Обоснование символики
По легенде богатырь по имени Тонус-Бухатыыр c вершины горы Чээккэ пустил горящую стрелу, пошёл большой пожар, на месте пепелища образовалось большое озеро Кюкяй на что показывает стрела.
Солнце - символ жизни, тепла и благополучия.
Лазоревое поле с серебряной волнистой линией показывает исток жизни, чистую воду озера Кюкяй.
Зелень – цвет изобилия, вечной жизни и природы.
Горы в знак высоких достижений и показывают местную особенность- гору Чээккэ.
Красное поле – цвет кровной связи, вечности и продолжения жизни.

Источник - "Геральдика.Ру"