Флаг Кушнаренковского района утвержден решением Совета муниципального района Кушнаренковский район Республики Башкортостан от 18 июля 2006 года № 124. Первоначально был утвержден синий флаг с жёлтой полосой по нижней кромке и изображением голубя, но после консультаций с Геральдическим советом композиция флага изменилась. Флаг внесён в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под №3223, а также - в Государственный регистр символики в Республике Башкортостан под №051. Автор Салават Гилязетдинов. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, состоящее из четырех вертикальных полос: синего, желтого, синего и желтого цветов, соотносящихся как 1:2:2:1, в центре которого взлетающий жаворонок белого цвета".

Обоснование символики герба района:

Центральной фигурой герба является парящий над золотым полем, серебряный жаворонок - символ трудолюбия хлебопашца, прихода весны, торжества жизни.
На правой части щита изображены зерна пшеницы, означающие, что район сельскохозяйственный и производство зерна является приоритетным направлением его экономики, они символизируют также благополучие, дружбу многонационального населения.
На левой части щита изображены гроздья винограда, означающие, что в районе впервые в республике выведены районированные сорта винограда и в настоящее время развито виноградарство.
Волнистые полосы лазоревого цвета - это символ красавицы Агидель с ее притоками, многочисленных озер, а также символ красоты, величия, верности, доверия, надежды.
Серебряный цвет - символ веры, чистоты, искренности, благородства кушнаренковцев.
Золотое поле щита символизирует пшеничные поля, а также богатство, добытое трудом.

Материалы сайта Государственного Собрания - Курултая Республики Башкортостан