В 2020 году с преобразованием Надымского (муниципального) района в муниципальный округ МО Кутопьюганское утратило муниципальный статус.

Флаг Кутопьюганского МО утвержден Решением Собрания Депутатов муниципального образования Кутопьюганское "О флаге муниципального образования Кутопьюганское" от 27 декабря 2014 года № 103. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 9968.

2.1. Описание флага сельского поселения Кутопьюганское гласит:
«Прямоугольное двухстороннее полотнище зеленого цвета с отношением ширины к длине 2:3, несущее вдоль нижнего края полосу голубого цвета шириной ? ширины полотнища. В центре полотнища изображены фигуры из герба сельского поселения Кутопьюганское: стоящий на голубой полосе желтый чум, над которым изображено Северное сияние, а по бокам чума – два сообращенных скачущих оленя; на голубой части полотнища – белый осетр».
2.2. Рисунок флага сельского поселения Кутопьюганское приводится в Приложении к настоящему Положению, являющемся неотъемлемой частью настоящего Положения.
2.3. Обоснование символики флага сельского поселения Кутопьюганское.
Муниципальное образование Кутопьюганское создано путем объединения муниципального образования село Кутопьюган и муниципального образования село Нори.
Первые упоминания о населённом пункте Кутопьюган относятся к концу XVIII – началу XIX века. Кутопьюган в переводе с хантыйского языка означает «средняя река». В устье реки Кутопьююган, на её правом высоком берегу и расположился посёлок, который первоначально развивался, как пункт обмена пушнины и оленьего мяса на соль, хозяйственную утварь, орудия лова, порох, дробь. Основную массу жителей посёлка представляют потомки кочевых оленеводов, охотников, рыбаков.
Село Нори, расположенное в таежной зоне на берегу протоки, впадающей в реку Правый Ярудей, было основано в конце 19-го столетия. Первопричиной образования Нори была торговля. Водным путём из Тобольска через Обскую губу товар завозился в село. В те далекие времена тобольские рыбопромышленники доставляли сюда все необходимое для жизни оленеводов, рыбаков и охотников. Зимой здесь собиралось много ненцев, которые запасались продуктами питания и всем необходимым для длительной жизни в стойбищах.
Около половины населения представители коренных малочисленных народов Севера — ненцы и коми-зыряне.
Основными занятиями трудоспособного населения сельского поселения Кутопьюганское являются оленеводство, охота, рыболовство, пошив меховой одежды.
Основными занятиями трудоспособного населения сельского поселения Кутопьюганское являются оленеводство, охота, рыболовство, пошив меховой одежды.
Символика флага сельского поселения Кутопьюганское многозначна:
- зеленая часть полотнища - цвет тайги в летнее время, аллегория земель поселения, пастбищ для оленей;
- чум – форма жилища, распространённая у финно-угорских народов. По преданиям многих северных народов, чум и человек появились почти одновременно. И это недалеко от истины. Для местных жителей чум не только место ночевки или укрытия от непогоды, но и место встречи, общения, хранения очага и традиций;
- северное сияние – уникальное природное явление – символ расположения поселения в полярных широтах;
- олени, сопровождающие чум – символ самобытной фауны поселения. Олень для местного населения – это спутник всей жизни. Это не только транспортное средство, обеспечивающее передвижение по тундре и тайге без всяких дорог, но это и источник пропитания, одежды, обуви и обустройства жилищ. В то же время олень – благородное неприхотливое животное, символ бесстрашия и выживаемости в суровых условиях крайнего севера. Количество оленей символически отражает количество населенных пунктов составляющих единое поселение;
- голубая часть полотнища – символ водных объектов, расположенных на территории поселения, в том числе и речки Кутопьюган (бассейн Оби).
- осетр – символ богатой рыбной фауны здешних рек и озер;
Зеленый цвет символизирует весну и природу, здоровье, молодость и надежду.
Голубой цвет (лазурь) – символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.
Белый цвет (серебро) – символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения.
Желтый цвет (золото) – символ высшей ценности, величия, богатства, урожая.
2.4. Авторская группа.
Идея: Неркагы Артур, Сергей Павлов (все - с. Кутопьюган).
Геральдическая доработка: Константин Моченов (Химки);
Художник и компьютерный дизайн: Юлия Терещенко (Москва);
Обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки).

По сообщению В. Пермякова