Флаг Куюргазинского района утвержден решением Совета муниципального района Куюргазинский район Республики Башкортостан от 13 июля 2006 года № 1/10-92. Первоначально рисунок флага был другим (на жёлтом полотнище зелёный треугольник вершиной к середине нижней кромки, на нем взлетающий степной орёл), но в ходе консультаций с экспертами Геральдического совета флаг был изменён. Флаг внесён в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 3224 [по другим данным - № 3102], а также - в Государственный регистр символики в Республике Башкортостан под № 052. Автор Салават Гилязетдинов. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух горизонтальных полос: верхней зеленого цвета шириной 4/5 ширины полотнища и нижней желтого цвета; в центре зеленой полосы летящий к древку степной орел желтого цвета с клювом и лапами красного цвета, держащий в лапах дубовую ветвь желтого цвета".

Обоснование символики герба и флага района:

"Куюргазинский район - южные ворота Республики. Своим названием район обязан реке Куюргаза, притоку реки Большая Юшатырь. В переводе с башкирского "Куюргаза" означает источник реки.
Когда-то в древние времена на территории района жили три башкирских рода - кипчаки, тамьяны и бурзянцы, славящиеся особой храбростью и выносливостью. Их потомки впоследствии прославили Куюргазинский район своим героизмом.
Всю богатую историю этой земли вместил в себя герб Куюргазинского района, который отражает природные, исторические и культурные особенности района.
Центральная фигура герба - взлетающий степной орел, который держит в когтях дубовую ветвь.
Издревле орел является одним из родовых атрибутов - птицей кипчаков, потомки которых составляют сегодня преимущественное население Куюргазинского района. Летящий золотой орел - символ справедливости, богатства, независимости, силы, великодушия, прозорливости, свидетельствует о связи времен, стремлении в будущее, преодолении препятствий, развитии района.
Дубовая ветвь символизирует прочность, надежность многонационального народа, населяющего край.
Семь золотых колосьев - это символ трудолюбия землепашцев, знак богатства края. Число колосьев - семь символизирует семь родов, положивших начало единению народов, проживающих на территории республики.
Зеленый цвет - символ плодородия земли, разнообразия растительного, животного мира, а также символ надежды, изобилия, свободы, покоя и мира.

Материалы сайта Государственного Собрания - Курултая Республики Башкортостан