Флаг Кыштовского района утверждён Решением Совета депутатов Кыштовского района Новосибирской области от 18 августа 2006 года № 92 "Об утверждении флага Кыштовского района". Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 2438.

Звезда на флаге - условное изображение метеорита, благодаря которому образовалось озеро Данилово (Серебряное озеро).

Использованы материалы сайта Сибирской геральдической коллегии и электронной энциклопедии "ВИКИПЕДИЯ" (ред. страницы В. Пермяков)