Флаг Кзыл-Чишминского сельского поселения утвержден решением Собрания депутатов Кзыл-Чишминского сельского поселения от 1 июня 2017 года № 3 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 11542. Описание флага:

"Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры из герба Кзыл-Чишминского сельского поселения, выполненные в красном, зеленом, синем и белом цвете".
Обоснование символики флага Кзыл-Чишминского сельского поселения.
Флаг Кзыл-Чишминского сельского поселения на основе герба Кзыл-Чишминского сельского поселения и повторяет его символику, которая языком символов и аллегорий многозначно раскрывает его особенности.
Кзыл-Чишминское сельское поселение состоит из трех деревень, аллегорически показанных тремя цветками яблони - Кзыл-Чишма (административный центр), Красномайск и Новые Чепкассы.
Все эти деревни каким-то образом связаны с красным цветом - кзыл, кызыл, являющимся основным полем флага:
- деревня Кзыл-Чишма - в прошлом Убей -Начарово Тимбаевской волости Буинского уезда Симбирской губернии. Начало деревни положили служилые люди татары, несшие сторожевую службу на Карлинской засечной черте. Называли их мишарями. Как видно из Памятной книги Симбирской губернии на 1868 год, в то время в Убей-Начарове было 5 дворов, проживало 15 мужчин и 18 женщин. Деревня Убей-Начарово была переименовано в Кзыл-Чишму в декабре 1928 года. Деревня Кзыл-Чишма расположена на реке Буле, что означает по-русски - разделительная. Всю деревню питьевой водой питает один колодец, расположенный по правую сторону реки Буле. Здесь бьют родники, воды которых протекают по красноглинистой местности. Отсюда и название деревни Кзыл-Чишма, что означает - Красный Родник;
- деревня Красномайск (в прошлом Начар Упи,Начар Убеево до 1925г.) Тимбаевской волости Буинского уезда Симбирской губернии).
- деревня Новые Чепкассы входила в колхоз "Кызыл Тан".
Геральдическая фигура в виде серебряно-лазоревого источника символизирует родник, с вытекающим из него ручейком живительной влаги.
Зеленая полоса внизу - это своеобразный аллегорический фундамент Кзыл-Чишминского сельского поселения, символизирующий местную природу и сельское хозяйство.
Применённые во флаге цвета символизируют:
Красный цвет (червлень) символ мужества, жизненной силы, труда, празника и красоты.
Зеленый цвет символизирует весну, здоровье, природу, молодость и надежду.
Синий цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения.
Авторская группа:
Идея флага, обоснование символики: Мидхат Шакиров (д.Долгий Остров).
Художник и компьютерный дизайн: Ольга Салова (Москва).
Геральдическая консультация: Константин Моченов (Химки).

По материалам сайта Союза геральдистов России