В 2020 году с преобразованием Надымского (муниципального) района в муниципальный округ МО поселок Лонгъюган утратило муниципальный статус.

Флаг МО "поселок Лонгъюган" Утвержден решением Собрания депутатов муниципального образования поселок Лонгъюган от 28 февраля 2013 года № 25 и внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 8354. Описание флага:

"Прямоугольное двухстороннее полотнище голубого цвета с отношением ширины к длине 2:3, несущее внизу белую полосу шириной 3/20 ширины полотнища и отстоящую от нижнего края на 2/15 ширины полотнища. В середине верхней части полотнища изображен белый олень с поднятой головой (из герба поселка Лонгъюган), в центре белой полосы изображен прямоугольный ромб переменных цветов, со стороной равной ???? ширины полотнища".

Обоснование символики флага поселка Лонгъюган.
До прихода первых строителей на месте поселка на берегу реки Лонгъюган располагалось стойбище ханты-оленеводов. Есть две версии названия Лонгъюган "река, где затеряны идолы" и "темная река". А вода в реке Лонгъюган от природы темная.
Поселок Лонгъюган возник в 1972 году в связи со строительством компрессорной станции, обслуживающей газопровод Надым-Пунга-Ивдель. Символика поселка Лонгъюган отражает прошлое и настоящее этого поселения:
- олень - символ характерный для всего Ямало-Ненецкого округа. Фигура оленя с поднятой головой, установленная при въезде в поселок, стала основой флага. Олень - это национальное богатство местных жителей, это и транспортное средство, и продовольственная обеспеченность, и народная медицина;
- белый пояс с ромбом в середине - аллегория трубы с запорным вентилем - символизирует крупное градообразующее предприятие - Лонгъюганское линейное производственное управление магистральных газопроводов ООО "Газпромтрансгаз Югорск".
Голубой цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения.
Авторская группа:
Идея флага: Константин Моченов (Химки).
Художник и компьютерный дизайн: Анна Гарсия (Москва).
Обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки).

Материалы cайта Союза геральдистов России. Текст документа прислан В. Марковым