Флаг сельского поселения Ляпинское утвержден решением Совета муниципального образования Ляпинского сельского поселения Новокубанского района №208б от 9 ноября 2008 года. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №4579. Описание флага:

"Полотнище синего (голубого) цвета с отношением ширины к длине 2:3, несущее фигуры муниципального герба: вверху белый крест с желтыми лучами, внизу по углам желтые дубовые ветви с желудями, между ними – сложенные углом, обращенным вниз, от верхних углов полотнища две белые шашки лезвием наружу и рукоятями вверх".

Обоснование символики
Герб и флаг языком символов и аллегорий отражают исторические, культурные и экономические особенности сельского поселения.
Лазоревый (синий, голубой) цвет символизирует безупречность, добродетель, возвышенные устремления, волю, чистое небо, а также это цвет донских и линейных казаков, к которым ранее принадлежали первые жители поселения.
Серебряные казачьи шашки, символизируют казаков, как основоположников образования населённого пункта и аллегорически указывают на потомков различных казачьих формирований, в итоге осевших в поселении.
Серебряный (белый) прямой укороченный крест в золотом сиянии символизирует христианскую веру казаков и аллегорически указывает на то, что в Ляпинском поселении проживают последователи, как канонического православного вероисповедования, так и старообрядцы.
Дубовые ветви аллегорически указывают на то, что хутор Ляпино основан на месте дубовой рощи.
Золотые дубовые ветви символизируют мощь, воинскую доблесть, крепость, проявленные жителями поселения в разных сражениях, а также долголетие. Жёлуди на ветвях символизируют плодородие, возрождение и юную доблесть.
Серебро – символ мудрости, совершенства, чистоты.
Золото (жёлтый цвет) – символ величия, богатства и процветания, прочности, достатка.
Автор герба, изображение и обоснование символики: Владимир Нагаевский (Тихорецк)".

Материалы предоставлены "Вексиллографии" А.Данильченко (г.Майкоп)