Флаг станицы Лысогорской создан на основании герба (в создании герба и флага принимал участие Н.Охонько). Флаг представляет собой жёлтое полотнище, в центре которого - изображение червленой сторожевой вышки. Вдоль верхней части флага красная полоса в 1/8 ширины полотнища, вдоль нижней части синяя полоса в 1/4 ширины флага, посередине которой серебряный крест.

Вышка напоминает о происхождении станицы от казачьего сторожевого поста на горе Лысой. Крест подчеркивает "приверженность населения к христианской вере и православным духовным ценностям". Георгиевская форма креста напоминает о первопоселенцах - казаках из Георгиевской крепости.

По материалам книги Н.А.Охонько "Символы малой родины"