Флаг Маганинского наслега утверждён Решением наслежного Совета депутатов № 114 от 3 февраля 2012 года и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 9240.

Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Маганинского наслега в синем и белом цветах.

Синий цвет означает целомудрие, добрую славу и верность. Образ всадника на белом коне символизирует связь с предками. По преданиям прародителем наслега был всадник на белом коне прибывший с речки Кэнкэмэ.

Рисунок - реконструкция по гербу, утвержденному тогда же.