Флаг Магистральнинского МО утвержден решением Думы Магистральнинского городского поселения от 14 мая 2009 года №133 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №4956. Согласно тексту Положения о флаге:

"3. Геральдическое описание и обоснование символики флага Магистральнинского муниципального образования (городского поселения)
3.1. Описание флага Магистральнинского муниципального образования (городского поселения):
«Прямоугольное голубое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее посередине желтую горизонтальную полосу в 1/6 ширины полотнища и с выступами в виде пяти железнодорожных костылей (одного большего между четырьмя меньшими), как бы пронзающих полосу сверху вниз».
3.2. Обоснование символики флага Магистральнинского муниципального образования (городского поселения).
Магистральный (административный центр городского поселения) – поселок, возникший при строительстве БАМа 2 июня 1974 года – дата рождения поселка, день, когда на Казачинско-Ленскую землю прибыл областной комсомольский отряд строителей Байкало-Амурской Магистрали. 200 юношей и девушек 2 июня высадились на берегу таёжной речушки Окукихты, и стали первыми жителями п.Магистральный. Жили в палатках без каких-либо удобств, пищу готовили на кострах, разводимых на берегу реки.
Строительство железной дороги дало мощный толчок развитию поселка. И сегодня железная дорога – одно из градообразующих предприятий поселения. Через станцию Киренга (так называется железнодорожная станция в поселке Магистральный) день и ночь идут составы.
Все это нашло отражение в флаге поселения. Золотой пояс, скрепленный железнодорожными костылями – аллегория Байкало-Амурской магистрали, проходящей по территории поселения. Согласно историческим хроникам 29 сентября 1984 г. БАМ стал единой магистралью, когда было уложено знаменитое последнее "Золотое звено" главного хода железной дороги. Именно эта дата и считается днем рождения магистрали. Костыли в гербе поселения не только символ БАМА и окончания его строительства, но и символ населенных пунктов возникших при строительстве магистрали. Центральный большой костыль – символизирует станцию Киренга, расположенную между станциями Западного участка БАМа Иркутской области Звездная, Ния и Улькан, Кунерма.
Костыль (в значении гвоздь) – символ единения, крепости, неразрывности, направленности действия.
Голубое полотнище – символ рек Окукихта, Берия, Киренга с трех сторон окружающих административный центр поселения поселок Магистральный.
Голубой цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.
Желтый цвет (золото) – символ высшей ценности, величия, великодушия, богатства, урожая.
3.5. Авторская группа:
идея флага: Константин Моченов (Химки);
художник и компьютерный дизайн: Ольга Салова (Москва);
обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки)".

По материалам сайта Союза геральдистов России