Флаг Майминского района утвержден Решением Совета депутатов МО от 23 декабря 2003 года №16-22. Согласно тексту Положения о флаге:

"Флаг муниципального образования «Майминский район» представляет собой прямоугольное полотнище из четырех горизонтальных полос: верхняя - белого цвета, нижняя – светло-зеленого, узкие полосы - голубого и белого цветов. Отношение ширины флага к его длине 1:2.Соотношение полос составляет 1/4, 1/25 и 1/25 к ширине флага.
Два цвета флага муниципального образования «Майминский район» соответствуют цветам Государственного флага Республики Алтай и Государственного флага Российской Федерации и подчеркивают, что муниципальное образование «Майминский район» является неотъемлемой частью субъекта Республики Алтай в Российской Федерации.
Белые полосы олицетворяют вечность, стремление к возрождению, любви и согласию. Голубая полоса является символом чистоты, неба, рек и озер. Светло-зеленая полоса является символом чистоты природы, гор, экологии и воздуха.
Многоцветный рисунок флага муниципального образования «Майминский район» помещен в приложении №1 к настоящему положению".

Рисунок прислан В.Попоски (V.Poposki), текст Решения - В.Марковым