Флаг Макарьевского района утверждён Решением районного Собрания депутатов №341 от 26 ноября 2004 года "О флаге муниципального образования "Макарьевский район". Редакция этого решения утверждена Решением Собрания депутатов Макарьевского МР от 22 декабря 2006 года №70. Флаг внесён в Государственный геральдический регистр под № 1747.

3. Описание и обоснование символики флага Макарьевского муниципального района
3.1. Описание флага Макарьевского муниципального района: флаг Макарьевского муниципального района представляет собой прямоугольное синее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее два желтых колокола в 2/3 ширины полотнища из герба района.
3.2. Обоснование символики флага Макарьевского муниципального района.
Город Макарьев, ранее Макарьев-на-Унже, а ныне - центр одноименного района, основан рядом с существовавшим с 1439 г. Троице-Макарьевским монастырем, основанным как мужская обитель преподобным игуменом Макарием на р. Унжа.
Колокол - символ "духовного начала", аллегорически показывает Макариево-Унженский монастырь, - один из крупнейших в Костромской области; кроме того, город Макарьев славился крупнейшими в России торговыми ярмарками: колокольный звон оповещал о начале ярмарки.
Желтый цвет (золото) - символ высшей ценности, богатства, величия, постоянства, прочности, силы, великодушия, интеллекта и солнечного света.
Синее полотнище дополняет символику и показывает географическое расположение Макарьевского муниципального района на р. Унже.
Синий цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, мышления, искренности и добродетели.
3.3. Авторская группа:
идея флага: Константин Моченов (г. Химки),
обоснование символики: Галина Туник (г. Москва),
компьютерный дизайн: Сергей Исаев (г. Москва).

Использованы материалы сайта Макарьевского района