Поселок Малаховка до 2017 года входил в состав Люберецкого района и составлял в "Люберецком муниципальном районе" муниципальное образование "городское поселение Малаховка" (а до 2005 года - муниципальное образование "посёлок Малаховка"). В декабре 2016 года Мособлдума одобрила формирование на территории Люберецкого муниципального района городского округа Люберцы, соответствующий закон вступил в силу 9 января 2017 года. Таким образом городское поселение Малаховка утратило статус муниципального образования, посёлок вошёл в состав МО "городской округ Люберцы".

Флаг поселка Малаховка утвержден решением Совета депутатов поселка Малаховка Люберецкого района от 27 апреля 2000 года № 232/24. Авторы флага: Константин Моченов, Виталий Першин, Сергей Янов, художник - Роберт Маланичев. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 634.

"Прямоугольное зелёное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее изображение фигур герба посёлка: вдоль древка - синяя полоса размером 1/6 флага"

Использованы материалы книги К.Моченова "Официальные символы Подмосковья", М., 2003 (спасибо В.Маркову за помощь при подготовке рисунка)

Решением Совета депутатов ГП Малаховка от 10 апреля 2012 года № 115/16 "О гербе и флаге городского поселения Малаховка" было установлено, что флаг МО "посёлок Малаховка" (утв. 2000 г.) становится флагом "городского поселения Малаховка". Утверждена также новая редакция Положения о флаге. Сам флаг не менялся.

Материалы геральдического архива В. Маркова