Флаг Малобуяновского СП утвержден решением Собрания депутатов Малобуяновского сельского поселения от 28 марта 2017 года № 7 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 11392. Описание флага:

"Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры из герба Малобуяновского сельского поселения, выполненные в синем, желтом и зеленом цвете".
Обоснование символики флага Малобуяновского сельского поселения.
Флаг Малобуяновского сельского поселения создан на основе герба Малобуяновского сельского поселения и повторяет его символику.
В состав Малобуяновского сельского поселения входят деревни: Малое Буяново, Какерли-Шигали, Нижнее Буяново и село Трехизб-Шемурша, которые аллегорически показаны четырьмя крыльями ветряной мельницы. Мельница - символ преобразования, символ смирения, укрощения стихии на благо людей.
Территория Малобуяновского сельского поселения граничит с Татарстаном. Здесь же проходит федеральная трасса "Цивильск - Ульяновск". Обе эти особенности аллегорически отражены делением флага на две части.
Крылья мельницы на гербе изображены в перемену цвета с полями расположения, что образно показывает географическое положение сел на юг и север.
В верхней синей части флага изображен золотой купол, символизирующий одну из старинных церквей - Николая Чудотворца (1892 г.)
В нижней желтой части герба изображена зеленая дубовая ветка. Дуб - символ мощи, силы, вечности, спокойствия.
Применённые в гербе цвета символизируют:
Желтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, богатства, урожая.
Синий цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.
Зеленый цвет символизирует весну, здоровье, природу, молодость и надежду.
Авторская группа:
Идея флага, обоснование символики и художник: Мидхат Шакиров (д.Долгий Остров).
Компьютерный дизайн: Радия Чуварова (с.Батырево).
Геральдическая консультация: Константин Моченов (Химки).

По материалам сайта Союза геральдистов России. Текст документа прислан В. Пермяковым