В составе мальтийского МО один населенный пункт - село Мальта.

Флаг Мальтинского МО утвержден Решением Думы сельского поселения Мальтинское муниципальное образование от 15 декабря 2014 года № 69 и внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 9980. Согласно тексту Положения о флаге:

"Прямоугольное двухстороннее полотнище голубого цвета с отношением ширины к длине 2:3, несущее в центре изображение фонтана, бьющего из полумесяца белого цвета, концы струй которого превращаются в белые гроздья цветов черемухи с желтыми сердцевинами, и сопровожденного внизу бивнем мамонта белого цвета (все фигуры из герба Мальтинского сельского поселения)".

Обоснование символики флага сельского поселения Мальтинское .
Название самого муниципального образования и его административного центра села Мальта происходит от бурятского "мойкон" - "черемуха" или "моэлта" - "черемуховое место", что связано с обилием черемухи по правобережью реки Белая. Люди здесь появились примерно 25-20 тысяч лет назад, о чём свидетельствуют раскопки, обнаруженной палеолитической стоянки. В Мальте были обнаружены статуэтки палеолитических Венер изготовленных из бивня мамонта, гравированные изображения мамонтов.
Впервые Мальта упоминается в документах в 1683 году. В XVII-XIX столетиях происходит развитие и становление села Мальта, как богатого села, через которое проходил московский тракт (в настоящее время тракт проходит вблизи села).
Мальтийское поселение гордится наличием на своей территории богатых минеральных источников (лечебно-столовая минеральная вода "Мальтинская"), на основе которых функционирует санаторий "Мальтинский".
Символика флага Мальтинского муниципального образования многозначна:
- фонтан минеральной воды, струи которого переходят в цветы черемухи - полугласный символ и названия села и поселения и его минеральных источников, дарящих людям здоровье. Фонтан - символ источника жизни, символ любви и вдохновения;
- полумесяц - символ Луны (по-гречески Селена), аллегория того, что состав местных минеральных вод включает редкий химический элемент "селен", являющийся для человека "биокорректором высшего ранга", поскольку входит наряду с цинком, кальцием и калием в состав более 200 гормонов и ферментов организма, регулируя работу всех органов и систем человека;
- бивень мамонта - символизирует село Мальта как одну из наиболее известных позднепалеолитических стоянок Сибири, известной всему научному миру;
Синий цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения.
Желтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, богатства, урожая.
Авторская группа:
Идея: Константин Моченов (Химки).
Художник и компьютерный дизайн: Анна Гарсия (Москва).
Обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки).

По материалам сайта Союза геральдистов России