Флаг Марьинского сельского поселения утвержден решением Совета Марьинского сельского поселения от 4 июня 2010 года № 66 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 6335.

Описание флага:
"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из трех треугольников: среднего зеленого в 1/2 полотнища, основание которого совпадает с верхним краем полотнища, а вершина с серединой нижнего края; и двух боковых, красных. Посередине, поверх границ трех частей, воспроизведено белым, сиреневым, желтым и телесным цветами изображение девушки в праздничном платье и венке и с двумя снопами".
Обоснование символики флага Марьинского сельского поселения.
Флаг разработан на основе герба Марьинского сельского поселения.
Хутор Марьинский - центр одноименного сельского поселения появился в конце XIX столетия и успешно развивался благодаря плодородным пашням Кубани. В настоящее время Марьинское, одно из сельских поселений Тбилисского района, обладает ярко выраженным экономическим потенциалом, связанным с сельским хозяйством.
Символика фигур флага многозначна:
- фигура девушки образно указывает на название сельского поселения образованное от женского имени Марья - по одной из версий, хутор был основан на землях, принадлежавших барыне Марье, и назван по ее имени Марьинским.
- девушка в народном крестьянском наряде подчеркивает расположение сельского поселения в развитом аграрном регионе.
- деление полотнища на зеленые и красные части, дополненное двумя снопами, аллегорически показывает агропромышленный комплекс и переработку сельскохозяйственной продукции являющейся основой экономики муниципального образования.
- зеленое острие в красном поле, заимствованное из герба Тбилисского района, символизирует культурную, экономическую и историческую общность двух муниципальных образований.
Желтый цвет (золото) - символ урожая, богатства, стабильности, уважения, солнечного тепла.
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания.
Зеленый цвет - символ природы, здоровья, молодости, жизненного роста.
Красный цвет - символ труда, силы, мужества, красоты, праздника
Сиреневый цвет (пурпур) - символ славы, благородного происхождения, древности.
Авторская группа:
идея флага: Константин Моченов (Химки), Анатолий Раков (Краснодар);
художник: Роберт Маланичев (Москва), Оксана Афанасьева (Москва);
компьютерный дизайн: Оксана Афанасьева (Москва);
обоснование символики: Кирилл Переходенко (Конаково).

Источник - сайт Союза геральдистов России