Флаг района утвержден решением Собрания депутатов района от 22 декабря 2005 года № 41 и внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 2164.

Описание флага:
Флаг Матвеево-Курганского района представляет собой прямоугольное красное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее изображение белого якоря над символическим ступенчатым постаментом, зелёным с белой окантовкой, в окружении жёлтого венка из ветвей лавра и колосьев.
Обоснование символики
Флаг разработан на основе герба, который языком символов и аллегорий отображает исторические и экономические особенности района.
Изображение морского якоря напоминает установленный в районе памятник защитникам Родины, проявившим мужество в годы Великой Отечественной войны.
Ступенчатый постамент аллегорически показывает достижения жителей в экономическом и культурном формировании своей земли, а также большие возможности для дальнейшего развития и повышения благосостояния жителей района.
Символика венка на флаге района многозначна:
— лавровые ветви венка символизируют доблесть, трудовую славу, героизм, проявленный местными жителями в военные годы войны и годы мирного труда.
— ветвь из колосьев показывает развитое в районе земледелие, богатство земли. Символика сельского хозяйства дополняется зелёным цветом — символом природы, здоровья, жизненного роста.
Жёлтый цвет (золото) — символ урожая, богатства, стабильности, уважения и интеллекта.
Белый цвет (серебро) — символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания.
Красный цвет — символ доблести, силы, труда, красоты.