Флаг Мегежекского наслега утверждён Решением Совета депутатов муниципального образования "Мегежекский наслег" № 7-4 от 25 декабря 2013 года и внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 10212. Описание флага:

Прямоугольное полотнища с соотношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба муниципального образования "Мегежекский наслег" в голубом, зелёном и жёлтом цветах.

По материалам геральдического архива В.Маркова