Флаг Мелеузовского района утвержден решением Совета муниципального района Мелеузовский район Республики Башкортостан от 18 июля 2006 года №131. Флаг внесён в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под №3226, а также - в Государственный регистр символики в Республике Башкортостан под №026. Автор Салават Гилязетдинов. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, состоящее из трех горизонтальных полос: верхней зеленого цвета, шириной 3/5 ширины полотнища, средней белого цвета шириной 1/10 ширины полотнища и нижней синего цвета; на зеленой полосе у древка сидящий к древку и обернувшийся сокол белого цвета".

Обоснование символики герба и флага района:

Богата история Мелеузовского района, уникальна и неповторима по красоте его природа.
На поймах рек Белой и Нугуш с отрогами Уральских гор жили башкирские роды Кипчак, Юрматы и Тамьян, у которых сокол является родовым символом, олицетворяющим силу, мужество, целеустремленность и движение вперед. Поэтому центральной фигурой герба выбран взлетающий серебряный сокол - символ неразрывной связи поколений, уважения к памяти предков, осознания своего настоящего и будущего через ушедшее в века прошлое.
Серебряный цвет - это также символ веры, чистоты, искренности, благородства, присущих жителям района.
Также взлетающий серебряный сокол символизирует сегодняшнее позитивное развитие района, стремление к прекрасному будущему, трудолюбие.
Золотое соцветие курая во главе герба отражает единение семи родов, положивших начало единению народов, проживающих на территории Республики Башкортостан.
Серебряный пояс в виде башкирского национального орнамента "кускар", являясь символом богатства и процветания, символизирует развитое земледелие и отражает в гербе то, что Мелеузовский район является одним из крупных сельхозпроизводителей республики.
В районе расположена жемчужина юга Башкортостана - Нугушское водохранилище, которое своей красотой и чистой водой привлекает туристов со всей России.
Лазоревый цвет оконечности герба, а также бегущие серебряные волны - символ водных просторов Нугушского водохранилища, а также рек и родников с вкуснейшей прозрачной водой.
Сочетание лесных угодий, рек и водохранилищ, равнинной местности со скалистой грядой гор, знаменитый Башкирский заповедник, в котором сохранились редкие виды флоры и фауны, в том числе реликтовые леса, нашло отражение в гербе зеленым цветом основного поля.

Материалы сайта Государственного Собрания - Курултая Республики Башкортостан