Флаг утвержден решением Совета Мерчанского сельского поселения № 168 от 12 ноября 2013 года и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 8846. Описание флага:

"Прямоугольное двухстороннее полотнище голубого цвета с отношение ширины к длине 2:3, несущее вдоль нижнего края полосу белого цвета с выступающими над ней белыми волнами в виде меандра (ширина полосы без волн - ? ширины полотнища). В середине голубой части полотнища изображен белый, летящий к древку голубь с колосом риса в клюве; на белой полосе изображены пять сосновых шишек малинового цвета в ряд (все фигуры из герба Мерчанского сельского поселения)".
Обоснование символики:
Мерчанское сельское поселение названо по имени ранее существовавшего на его территории горского аула Мерчан, ставшего в 1862 году селом Мерчанское. Заселение села после 1862 года осуществлялось в основном греками и турками. Ровный рельеф местности, обилие водных ресурсов (по территории поселения протекают реки Абин, Мерчанка, Куафо), продолжительность теплого времени года - благоприятные обстоятельства для выращивания риса. Местные сельскохозяйственные предприятия входят в число лучших хозяйств Кубани по выращиванию риса. На землях поселения разместился Варнавинский участок Крымского лесхоза. В состав поселения входят село Мерчанское и хутора Веселый, Майоровский, Мова и Ястребовский.
Символика герба Мерчанского сельского поселения многозначна:
- голубь - символ миролюбия местного населения, состоящего из представителей 18 национальностей;
- ветка риса в клюве голубя - символ главного богатства поселения, выращиваемого трудом всех его жителей;
- белая оконечность - символ всех рек, протекающих по территории поселения, а волны в виде меандра - аллегория древнегреческих рисунков на вазах и других предметах - дань памяти первопоселенцам села Мерчанское;
- сосновые шишки - символ лесхоза, основной задачей которого является выращивание саженцев сосны, для воспроизводства лесных посадок. Количество шишек на гербе аллегорически показывает количество населенных пунктов поселения.
Лазурь - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.
Пурпур - символизирует расположение поселения на землях Кубанского казачества, родственного казачеству Запорожскому, традиционный цвет которых - пурпур. Пурпур также символ власти, славы, почета, благородства происхождения, древности.
Серебро - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения.
Авторская группа:
Идея герба: Владимир Майоров (с. Мерчанское), Анатолий Раков (Краснодар).
Геральдическая доработка: Константин Моченов (Химки).
Художник и компьютерный дизайн: Анна Гарсия (Москва).
Обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки).

По материалам сайта "ГЕРАЛЬДИКА.РУ"