Флаг города Межгорье утвержден решением Совета муниципального образования Закрытое административно-территориальное образование – город Межгорье Республики Башкортостан от 19 июля 2006 года №24-3. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №2998, а также - в Государственный регистр символики в Республике Башкортостан под №069. Автор флага - Салават Гилязетдинов. Описание флага:

Прямоугольное полотнище синего цвета с соотношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба города Межгорья в синем и желтом цветах.

Обоснование символики герба и флага города:

Герб Межгорья отражает социально-экономические и иные особенности города.
До прихода строителей-основателей города Межгорья в этих диких, но прекрасных лесах хозяином был медведь. Поэтому центральной фигурой герба является золотой медведь, олицетворяющий собой связь времен.
Медведь символизирует предусмотрительность, богатырскую силу и вместе с тем добродушие и миролюбие.
В правой лапе медведь держит кайло, в левой – шахтерский фонарь – инструменты, являющиеся исключительной принадлежностью шахтеров.

Выступающие по бокам символические золотые горы делают герб гласным – Межгорье.
Лазоревый цвет поля герба – символ красоты, величия, вечности, а также развития, движения вперед, надежды и мечты.
Золото символизирует достоинство и богатство.

Материалы сайта Государственного Собрания - Курултая Республики Башкортостан