Флаг Мезмайского СП утвержден решением Совета Мезмайского сельского поселения от 14 сентября 2011 года №72 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №7063. Согласно тексту Положения о флаге:

"3.1. Описание флага Мезмайского сельского поселения:
«Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине2:3, воспроизводящее композицию герба Мезмайского сельского поселения Апшеронского района в синем, зеленом, белом и чёрном цветах».
3.2. Обоснование символики флага Мезмайского сельского поселения.
Флаг разработан на основе герба, который языком символов и аллегорий отражает исторические, культурные и экономические особенности сельского поселения.
Мезмайское сельское поселение расположено на северной окраине плато Лагонаки в зоне отрогов Главного Кавказского хребта между Лагонакским, Гуамским и Азишским хребтами у величественных, белоснежных гор Мезмай и Зауда. Ледники, горные реки, водопады, урочища и каньоны, пещеры, многоярусные тёмно-зелёные леса, редчайшая флора и фауна, чистый горный воздух – это всё Мезмайское сельское поселение.
Белые зазубренные и направленные вниз полосы аллегорически указывают и Гуамское ущелье – природную достопримечательность поселения, а также на горные реки Курджипс и Мезмайка c их многочисленными порогами и водопадами.
Зелёная часть флага внешне напоминает ели и символизирует красоту окружающей природы - поросшие разнообразными реликтовыми деревьями и кустарниками горные склоны поселения, а также надежду, возрождение, молодость. Зелёная часть полотнища также аллегорически указывает на станицу Тёмнолесскую основанную хопёрскими казаками в 1868 году и посёлок Мезмай основанный, как посёлок лесорубов, в 1922 году.
Синий цвет полотнища символизирует чистое небо, веру, искренность, добродетель, возвышенные устремления.
Изображение рыси указывает на наличие данных животных на территории поселения и символизирует отвагу, внимательность, бдительность, пользу, непримиримость к врагу, а также просветление и озарение. Рысь аллегорически указывает на защитников этих горных районов в годы Великой отечественной войны не пропустивших через свои земли врага.
Эдельвейс – цветок, растущий на горных вершинах, указывает на многообразие горной флоры и является символом красоты, чистоты, надёжности, мужества и стойкости. Цветок эдельвейса аллегорически указывает и на многочисленные горные приюты, туристические базы с туристическими маршрутами расположенными на территории поселения.
3.3. Авторская группа:
идея флага: Владимир Викторович Нагаевский (Тихорецк),
Михаил Иванович Скворцов, Василий Михайлович Железняк (Мезмай);
Изображение и обоснование символики:
Владимир Викторович Нагаевский (Тихорецк), Василий Михайлович Железняк (Мезмай);

По материалам сайта "ГЕРАЛЬДИКА.РУ"