Флаг Михайловского сельсовета утверждён Решением Михайловского сельского Совета народных депутатов № 48 от 17 декабря 2014 года. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 10005.

3. Описание и обоснование символики флага Михайловского сельсовета
3.1. Описание флага Михайловского сельсовета:
«Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Михайловского сельсовета Михайловского района Амурской области зеленом, белом, жёлтом и малиновом цветах».
3.2. Обоснование символики флага Центрального сельского поселения.
Флаг разработан на основе герба, который языком символов и аллегорий отражает исторические, культурные и экономические особенности сельского поселения.
Зеленый цвет полотнища символизирует природу, плодородие, здоровье, возрождение, надежду, а также аллегорически указывает на животноводство и растениеводство, развиваемое в личных и фермерских хозяйствах поселения.
Белая диагональная полоса аллегорически указывает на главную водную артерию поселения – речку Завитая, вдоль берега, которой расположены земли сельского совета.
Белый цвет символизирует мудрость, совершенство, чистоту, справедливость и великодушие.
Административный центр сельсовета – село Михайлова получило своё наименование в честь праздника архистратига Архангела Михаила, символами которого и являются пламенеющий меч и крылья Архангела.
Изображение малиновых цветков лилии кучерявой (саранки) аллегорически указывают на богатую дикорастущую флору поселения, на бережное отношение к природе жителей поселения, а также на произрастание данного цветка на территории сельского поселения. Саранка является гордостью не только Михайловского сельсовета, но и всего района.
Количество цветков аллегорически указывает на количество населённых пунктов в составе сельсовета.
Малиновый цвет символизирует цветущую землю, верность, скромность, набожность.
Жёлтый цвет – символ стабильности и уважения, процветания и прочности.
3.3. Автор флага, изображение и обоснование символики:
Владимир Нагаевский (Тихорецк).

По сообщению М. Шарунова