Флаг сельсовета утвержден решением Михайловского сельского Совета депутатов от 17 февраля 2012 года №20-58р и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 7547.

"Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух горизонтальных полос малинового и голубого цвета (в отношении 5:1). В середине верхней части полотнища - желтый журавль с поднятым вверх раскрытым клювом и с воздетыми крыльями, правой лапой держащий белый землемерный циркуль. В середине голубой части полотнища - два плывущих в волнах белых окуня с желтыми глазами, плавниками и хвостами".

Обоснование символики флага Михайловского сельсовета.
Для освоения сибирских просторов по царскому Указу в 1887 году в г. Ачинск прибыли первые переселенцы из Орловской и Курской губерний. Затем переселенцы вместе с землемером отправились к месту поселения, где им были отведены земельные наделы. Первое поселение называлось Крутоярка, позднее переименованное в село Михайловка.
Михайловский сельсовет объединяет два населенных пункта: село Михайловка и деревня Косоголь. Недалеко от этой деревни в районе озера Большой Косоголь и реки Сереж (пересекающей земли Михайловского сельсовета) ведутся археологические раскопки. Здесь обнаружено немало ритуальных предметов: олень в галопе (олицетворение небесного светила), гусь (культовая вещь, предназначенная для религиозных обрядов) и другие.
Флаг Михайловского сельсовета символически отражает историю, географию и другие особенности поселения. Символика флага многозначна:
- фигура золотого журавля - олицетворяет фауну этих мест, расположенных между двумя государственными заказниками "Солгонский кряж" и "Березовая дубрава", в которых сохраняются редкие виды птиц и животных - серый журавль, журавль-красавка, сапсан, лось и другие. На флаге сельсовета поющий журавль - образ природного богатства здешней земли;
- землемерный циркуль - аллегория начала освоения этих земель переселенцами из Центральной России;
- голубая часть полотнища с плывущими по ней окунями - символизирует водные объекты, расположенные на территории поселения - реку Сереж, озера Малый и Большой Косоголь и многие другие речки и протоки и их богатый рыбный мир.
Малиновый цвет (пурпур) - символ власти, славы, почета, благородства происхождения, древности.
Голубой цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.
Желтый цвет (золото) - символ богатства, стабильности, уважения и интеллекта, жизненной энергии.
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения.
Авторская группа:
идея: Константин Моченов (Химки);
художник и компьютерный дизайн: Ольга Салова (Москва);
обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки)".

По материалам сайта Союза геральдистов России