Флаг Михайловского сельского поселения утвержден. решением Совета Михайловского СП № 214 от 3 июля 2012 года. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 7996.

Описание флага.
"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Михайловского сельского поселения Курганинского района в зеленом» синем (голубом), белом и жёлтом цветах".
Обоснование символики герба и флага.
Герб языком символов и аллегорий отражает исторические, культурные и экономические особенности сельского поселения.
Михайловское сельское поселение включает в свой состав семь населённых пунктов. Административный центр поселения – станица Михайловская. Станица Михайловская основана в 1845 году рядом с сооруженным ранее одноимённым укреплением.
Укрепление и станица были названы в честь Архангела Михаила, изображение которого является гласным элементом герба. Изображение пшеничного колоса и пламенеющего меча в руках Архангела говорит о том, что он является святым защитником и покровителем казачества – воинов и хлеборобов.
Изображение крепостной стены указывает на Михайловское укрепление» положившее начало основанию станицы и поселения.
Золото (желтый цвет) крепостного укрепления аллегорически указывает на то, что экономической основой поселения является производство и переработка сельскохозяйственной продукции.
Изображение золотых рыб аллегорически указывает на богатые рыбой водоемы поселения, а также на ведущие рыбные хозяйства поселения.
Золото (жёлтый цвет) – символ урожая, достатка, стабильности.
Зелёный цвет символизирует жизнь, надежду, возрождение, плодородие и красоту окружающей природы.
Станица Михайловская расположена на берегу реки Чамлык, что в переводе с ногайского означает колючая, ершистая, это и показано в гербе «колючей» лазоревой оконечностью.
Лазоревый (синий) цвет символизирует чистое небо, честь, искренность, добродетель, возвышенные устремления.
Лазоревый (синий) также является определяющим цветом Линейного кавказского казачьего войска, к которому первоначально принадлежали казаки станицы Михайловской.
Серебро (белый цвет) – символ мудрости, совершенства, чистоты, веры, мира.
Автор герба, изображение и обоснование символики: В. Нагаевский (Тихорецк).

По сообщению М.Шарунова