Флаг Милютинского района утверждён Решением Собрания депутатов МО "Милютинский район" от 13 октября 2017 года № 128 "Об утверждении флага муниципального образования "Милютинский район". Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 11631.

"3.1. Описание флага Милютинского района:
Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Милютинского района в красном, синем, жёлтом и белом цветах.
3.2.Обоснование символики:
- стропило – строительство новой жизни, беззаветное служение обществу;
- подкова и копья – Милютинский казачий юрт основан военным министром Д. А. Милютиным в 1876 году на свободных землях войска Донского;
- 7 колосков – 7 поселений Милютинского района, объединённых богатством в согласии, мире и спокойствии;
- цвета герба – говорят о принадлежности Милютинского района к Ростовской области;
- золото (жёлтый цвет) – символ величия, достатка, хлеба, процветания и прочности;
- червлёный (красный) цвет–символ пролитой крови при защите родной земли от врага, символ доблести и отваги.
3.3. Авторская группа:
- Тесля О.Р. г. Таганрог,
- Дмитриев О.В. г. Таганрог

По информации В. Пермякова