До 2021 года существовало муниципальное образование "Мишкинский район" (муниципальный район), в 2021 году оно преобразовано в Мишкинский муниципальный округ. При этом как административно-территориальная единица Мишкинский район сохранен.

Положение о флаге Мишкинского района утверждено Решением Мишкинской районной Думы от 15 июня 2010 года №40. Согласно тексту Положения о флаге:

"2.1. Описание флага Мишкинского района гласит:
"Прямоугольное голубое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, с изображением фигур из герба района: вдоль нижнего края полосы состоящей из красных и черных брусков мурованных желтым с зубчатым верхним краем габаритной шириной в 1/3 ширины флага; посередине голубой части - желтой стоящей косули".
2.2. Обоснование символики флага Мишкинского района. Флаг разработан на основе герба Мишкинского района.
Центр района - поселок Мишкино существует более двухсот лет, это один из старейших населенных пунктов района. В конце XIX в Мишкино была построена станция на Западно-Сибирской железной дороге. В 1944 году Мишкино был присвоен статус рабочего поселка, но уже с 1923 года поселок являлся центром района.
Желтая косуля на голубом поле символизирует Мишкинский район как богатый разнообразной флорой и фауной. Голубой цвет - цвет бескрайнего неба и водных просторов показывает большое количество водоемов на территории района. Особенно славится район озерами, среди которых есть и пресные, и соленые, обладающие целебными свойствами.
Желтый цвет (золото) - символ урожая, богатства, стабильности, уважения, интеллекта.
Золото - цвет спелой нивы аллегорически говорит о Мишкинском районе как о сельскохозяйственном.
Красные и черные бруски-кирпичи в гербе аллегорически символизируют богатейшие запасы глины, пригодной для изготовления кирпича, и торфа, расположенные на территории Мишкинского района.
Красный цвет - символ мужества, силы, труда, красоты, праздника.
Черный цвет - символ мудрости, скромности, богатых недр.
2.3. Авторская группа:
идея флага: Константин Моченов (Химки), Ирина Соколова (Москва);
художник и компьютерный дизайн: Ирина Соколова (Москва);
обоснование символики: Кирилл Переходенко (Конаково).
2.4. Рисунок флага Мишкинского района в многоцветном варианте приводится в Приложении 1 к настоящему Положению, являющемся неотъемлемой частью настоящего Положения.

Материалы Мишкинской районной Думы

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №6343