Флаг Мишкинского сельского поселения утверждён решением Собрания депутатов Мишкинского сельского поселения № 131 от 21 февраля 2019 года. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 12212. Описание флага:

3.1. Описание флага Мишкинского сельского поселения:
"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, с использованием элементов композиции герба Мишкинского сельского поселения в красном, синем, черном, желтом, белом и зеленом цветах".

3.2. Обоснование символики:
- возникающий черный орел в золотой главе и выходящее золотое зубчатое колесо о четырех косвенно обращенных спицах в оконечности – элементы, указывающие на принадлежность поселения к Аксайскому муниципальному району. (Из решения Собрания депутатов Аксайского района № 186 от 1 ноября 2006 года «О внесении изменений в решение Собрания депутатов Аксайского района от 16.06.2004 г. № 26 «Об утверждении официальных геральдических символов муниципального образования «Аксайский район». Статья 14. Символы Аксайского района могут использоваться в качестве элементов или геральдической основы: 1) гербов (геральдических знаков, иных эмблем), флагов и иной символики предприятий и учреждений муниципального подчинения);
- перначи– хутор Малый Мишкин – родовое имение графа М.И. Платова, Атамана Всевеликого Войска Донского, героя Отечественной войны 1812 года и одно время было и местом усыпальницы всенародного любимца атамана Платова;
- золотая церковная главка - в хуторе Малый Мишкин расположен православный храм — Церковь Рождества Пресвятой Богородицы;
- пшеничный колос – основные сельскохозяйственные культуры, производимые в сельском поселении;
- золото – символ величия, достатка, процветания и прочности;
- изумруд (зеленый) цвет – символизирует развитое сельское хозяйство, стремление к новому, обновление жизни, а в данном случае – еще и холмистую местность;
- червлёный (красный) цвет – символ труда, красоты, мужества, силы; в гербе он также подчёркивает сохранившиеся самобытные традиции и память о людях отдавших жизни, защищая свою Родину;

3.3. Авторская группа:
Идея флага: О. Тесля (г. Таганрог)
компьютерный дизайн: О. Дмитриев (г.Таганрог)

Источник: сообщение В. Маркова (г. Санкт-Петербург). Текст документа прислан В. Пермяковым.