Флаг сельского поселения Молдаванское утвержден решением №100 от 9 июня 2011 года и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №7046. Согласно тексту Положения о флаге:

"3. Описание и обоснование символики флага Молдаванского сельского поселения.
3.1. Описание флага Молдаванского сельского поселения:
"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине2:3, воспроизводящее композицию герба Молдаванского сельского поселения Крымского района в синем (голубом) , зеленом и жёлтом цветах".
3.2. Обоснование символики флага Молдаванского сельского поселения.
Флаг разработан на основе герба, который языком символов и аллегорий отражает исторические, культурные и экономические особенности сельского поселения.
Зеленый цвет - символ плодородия, гор и лесов, природного изобилия, спокойствия, здоровья и вечного обновления. Зелёный цвет полотнища аллегорически указывает на предгорья Главного Кавказского хребта, у которого расположены земли поселения.
Синий (голубой) цвет полотнища символизирует честь, искренность, добродетель, возвышенные устремления.
Верхняя синяя часть аллегорически указывает на чистое небо, а нижняя – на красивейшие озёра, представляющие интерес для туризма и отдыха и составляющие гордость поселения.
Жёлтый цвет - символ урожая, богатства, стабильности, подчёркивает плодородие и достаток Молдаванского сельского поселения.
Основным видом деятельности в поселении является выращивание злаковых культур и винограда произрастающего на горных склонах, а также производство лучших сортов вина, что и отражено изображением пшеничных колосьев и виноградной грозди.
Пшеничные колосья символизируют сельское хозяйство, достаток.
Виноградная гроздь – символ праздника, веселья, радости.
Девятнадцать ягод виноградной грозди и девятнадцать зёрен в каждом колоске аллегорически указывают на количество населённых пунктов в составе поселения.
Ветка дуба с плодами указывает на дубовые рощи и на многовековые деревья, являющиеся достопримечательностью поселения.
Дубовые ветви символизируют мощь, воинскую доблесть, крепость, проявленные жителями поселения в разных сражениях, а также долголетие. Жёлуди на ветвях символизируют плодородие, возрождение и юную доблесть.
3.3. Автор герба, изображение и обоснование символики:
Владимир Нагаевский (Тихорецк).

По материалам базы нормативных документов Министерства юстиции