Поселок находится на территории Наро-Фоминского района Московской области, но является независимым от района муниципальным образованием со статусом городского округа.

Флаг Молодежного утвержден решением Совета депутатов поселка Молодежный от 29 декабря 2003 года №25 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №1430. Описание флага:

"Флаг посёлка Молодёжного представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, разделённое по горизонтали тремя неравномерными полосами - вверху зеленой, внизу красной, каждая из которых в 2/5 ширины полотнища, а в центре - белой волнистой полосой в 1/5 ширины полотнища и воспроизводящее в центре фигуры из флага: восемь расходящихся жёлтых громовых стрел, покрытых жёлтым щитом, завершённым красной садовой розой".

Обоснование символики флага поселка Молодежного.
Композиция флага посёлка Молодёжного аллегорически показывает основной профиль жизнедеятельности жителей посёлка, связанный с войсками связи.
Главные фигуры флага являются громовые стрелы и щит - из эмблемы связистов.
Стрела - один из древнейших символов воинства, указатель пути, достижения цели.
Жёлтый цвет (золото) символизирует богатство, справедливость, уважение, великодушие.
Щит - символ охраны, защиты, заслона.
Роза - источник вдохновения, символ красоты. Цветок розы - символ молодости, образно говорит о названии посёлка - "Молодёжный".
Белый волнистый пояс аллегорически показывает реку Нару, протекающую в окрестностях посёлка.
Белый цвет (серебро) - символ веры, чистоты, искренности, чистосердечности, благородства, откровенности и невинности.
Красный цвет - символ храбрости, мужества, красоты и труда.
Зелёный поле герба показывает, что посёлок Молодёжный расположен на территории Наро-Фоминского района (поле герба Наро-Фоминского района - зелёное).
Зелёный цвет символизирует жизнь, изобилие, возрождение, здоровье.
Авторская группа:
идея флага: Константин Мочёнов (Химки), Галина Русанова (Москва), Галина Туник (Москва);
обоснование символики: Галина Туник (Москва);
компьютерный дизайн: Галина Русанова (Москва)".

По материалам сайта "Союза геральдистов России"

Положение о флаге ЗАТО городской округ поселок Молодежный в новой редакции утверждено Решением Совета депутатов поселка Молодежный от 18 февраля 2009 года №2/3. Положение о флаге, принятое 29.12.2003 года, утратило силу. Но описание и внешний вид флага не изменились.