Флаг Молоковского района утвержден 17 апреля 2002 года и внесен в Государственный геральдический регистр под №1032. В верхней части изображены три равноконечных белых креста на красном поле. Белый цвет - символ чистоты и красоты. Красный цвет символизирует мудрость и доблесть жителей. Три креста - религиозный символ, ибо Молоково было вотчиной Троице-Сергиева монастыря. Кроме того - крест - символ не только религиозный, но и победительный, это символ храбрости и победы. Нижняя часть флага - это жёлтые круги на зеленом поле. Зеленый цвет - символ единения природы и земли, лесных и полевых богатств района. Три жёлтых круга - символ богатства прошлого, настоящего и будущего (золотой цвет также символ богатства и щедрости). Посередине флага - две волнообразные полосы белого цвета, разделенные зеленым полем, которые символизируют водное пространство района - две самые крупные реки района Мологу и Мелечу.

Материалы взяты с сайта "Регионального геральдического центра"