Флаг МО Морские Ворота утвержден Решением Муниципального Совета муниципального образования муниципальный округ Морские ворота № 21/2 от 17 ноября 2009 года.

"Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба в синем, красном, белом и желтом цветах".

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №5665.

По сообщению В.Маркова со ссылкой на информацию К.Башкирова (г.Санкт-Петербург)