Флаг городского поселения "поселок Мстёра" утвержден решением Совета народных депутатов муниципального образования поселок Мстёра от 4 октября 2012 года №91 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №7930. Описание флага:

"Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух горизонтальных полос белого и зеленого цвета (в отношении 3:1) и окаймленное полосой малинного цвета (шириной 1/10 ширины полотнища) покрытой желтой гирляндой из дубовых листьев, чередующихся с соединенными попарно желудями на черенках. В центре полотнища идущий по зелени медведь черного цвета с золотыми глазами, языком и когтями, на шее которого на желтой цепи подвешен желтый медальон украшенный самоцветами, а на спине - стоящий на красном рушнике, расшитом желтым цветом, черный ларец с желтыми украшениями".

Обоснование символики флага муниципального образования поселок Мстёра.
Флаг муниципального образования поселок Мстёра разработан на основе герба муниципального образования поселок , основу которого составил герб князей Ромодановских (идущий к дубу медведь). Род Ромодановских владел удельным княжеством Ромодановским (выделившимся из состава Стародубского княжества около середины XV века), а после многими селами и деревнями округи, в том числе старинным (первое упоминание относится к 1628 г.) селом Богоявленская Слобода (ныне - поселок Мстёра).
Малиновая кайма, украшенная желтой дубовой гирляндой, рушник, ларец и золотой медальон на цепи - символизируют художественные промыслы, распространенные в этих местах с давних времен. Мастера Мстёры освоили многие промыслы: лаковую миниатюру (ларец), художественную вышивку (рушник), иконопись, ювелирное искусство (золотая медаль на цепи), резьбу по дереву (узор на кайме) - радуя глаз ценителей искусства необычным миром красок и образов.
Дубовые листья и желуди (дуб) - символ стойкости, долголетия, несгибаемости.
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения.
Зеленый цвет символизирует весну, здоровье, природу, молодость и надежду.
Малиновый цвет (пурпур) - символ власти, славы, почета, благородства происхождения, древности.
Желтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, богатства, урожая.
Черный цвет символизирует благоразумие, мудрость, скромность, честность.
Авторская группа:
Идея: Константин Моченов (Химки), Владислав Некосов (п.Мстёра), Михаил Медведев (Санкт-Петербург).
Художник и компьютерный дизайн: Ольга Салова (Москва).
Обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки)".

По материалам сайта Союза геральдистов России