Флаг Муезерского ГП утвержден решением Совета Муезерского городского поселения № 49 от 20 ноября 2019 года. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 12815. Описание флага:

"Прямоугольное с отношением ширины к длине 2:3, на всю поверхность которого распространена композиция из герба муниципального образования с заменой геральдических серебра, золота и лазури соответственно белым, жёлтым и голубым цветами. Оборотная сторона флага является зеркальным отображением его лицевой стороны.

Символика флага соответствует символике герба.

Обоснование символики герба:
Герб Муезерского городского поселения языком аллегорий символизирует исторические, природные и географические особенности муниципального образования.
Посёлок городского типа Муезерский – административный центр Муезерского района, образованного Указом Президиума Верховного Совета РСФСР 30 декабря 1966 года. История заселения территории посёлка уходит в послевоенные годы. В 1946 году возобновил деятельность Ругозерский леспромхоз. В декабре 1951 года в составе леспромхоза образован Муезерский лесопункт. На берегу речки Муезерка появились бараки, в которых жили лесозаготовители. Во время строительства Западно-Карельской железной дороги в 1963 году построена станция Муезерка, названная в честь протекающей недалеко реки. Указом Президиума Верховного Совета Карельской АССР от 15 января 1965 года рабочий посёлок, образовавшийся при станции Муезерка, отнесён к категории посёлков городского типа. Вновь образованному посёлку присвоено наименование Муезерский в память о деревне Муезеро, находившейся в 20 километрах на берегу одноимённого озера и сожжённой в годы Великой Отечественной войны. Название озера происходит от карельского слова «муя» - ряпушка. Эта рыба в большом количестве водилась в озере Муезеро. В 60-90-е годы посёлок активно строился, возводились жилые дома и объекты социально-экономического назначения. В пгт. Муезерский располагались все районные организации, руководившие развитием в Муезерском районе строительства, транспортного сообщения, связи, жилищно-коммунального хозяйства, бытового и культурного обслуживания населения, здравоохранения, торговли и других отраслей. Градообразующим предприятием был Ругозерский леспромхоз, переименованный в 1986 году в Муезерский комплексный леспромхоз, в 1993 году в ОАО «Муезерский ЛПХ». В посёлке установлены памятные знаки на месте воинских захоронений останков бойцов, погибших в годы Великой Отечественной войны, Стена памяти с мемориальными досками о муезерцах, погибших в Афганистане и Чечне. На основании Закона Республики Карелия от 01 ноября 2004 года № 813-ЗРК «О городских, сельских поселениях в Республике Карелия» в 2005 году создано муниципальное образование «Муезерское городское поселение»,
Три ряпушки, изображенные в гербе, делают герб гласным – так называют гербы, в композиции которых присутствуют фигуры, соответствующие или созвучные названию поселения. Рыбы в гербе также являются символом рыбного хозяйства традиционного рыбного промысла жителей.
Равноконечный вырубной крест, просеченный ромбом, – национальный карельский символ, традиционный элемент карельских национальных орнаментов, символ путеводной звезды, источника жизни, счастья и процветания, богатства, изобилия, высоких устремлений и идеалов народа.
Применённые в гербе цвета в геральдике обозначают:
– Белый цвет (серебро) – символ совершенства, благородства и веры.
– Жёлтый цвет (золото) - символ величия, богатства, стабильности, уважения, великодушия, справедливости.
– Синий цвет (лазурь) - символ благородства, достоинства, возвышенных устремлений, искренности и добродетели, символ рек, озер и чистого неба.
– Зелёный цвет (зелень) – символ весны, радости, надежды, жизни, здоровья, природы, символ лесов и природных богатств.

Источник - "Геральдика.Ру". Текст документа прислан В. Пермяковым