Флаг Мухоршибирского района утверждён Решением Совета депутатов МО Мухоршибирский район от 19 апреля 2018 года № 209. Флаг внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 11887.

2.1. Описание ФЛАГА: «Флаг Мухоршибирского района представляет собой прямоугольное полотнище с отношением сторон (ширины к длине) 2:3, воспроизводящее герб Мухоршибирского района в жёлтом, чёрном и красном цветах».

Для справки приведем описание и обоснование герба, принятое в тот же день.

2.1. Геральдическое описание ГЕРБА:
«В золотом поле два сообращённых с серебряной шеей и червлёными клювами и бровями чёрных журавля с одной согнутой ногой – у левого левой, у правого - правой; в чёрной оконечности золотой бурятский национальный орнамент в пояс».

2.2. Толкование символики ГЕРБА.
Герб языком символов и аллегорий передает природные, историко-культурные и экономические особенности района.
Мухоршибирский район известен своими каменноугольными месторождениями, поэтому чёрная оконечность символизирует богатство каменным углём. Бурятский национальный орнамент указывает не только на принадлежность района к Республике Бурятия, но и олицетворяет разведанные в районе запасы золота. Природные особенности района отражены двумя журавлями – на территории района расположены Тугнуйский дрофино-журавлинный заказник и Усть-Алтачейский государственный природный заказник.
Золотой цвет также олицетворяет такие качества и понятия как верность, справедливость, умеренность, великодушие и щедрость. Чёрный цвет в гербе означает благородство, терпение и упорство, а также плодородие. Червлёный (красный) цвет символизирует силу, мужество и доблесть.

2.3. Авторская группа:
Евгений Дрогов, Ирина Макарова.

Текст документа - по сообщению В. Пермякова. Рисунок - из архива В. Маркова.