Решением № 211 от 17 мая 1999 года Городская Дума Муравленко утвердила флаг города:

"Флаг муниципального образования город Муравленко представляет собой голубое полотнище с отношением длины полотнища к ширине 3:2, с двумя опрокинутыми желтыми ключами накрест, переплетенными кольцами (ушками) в крыже, с идущей вдоль нижнего края белой орнаментальной полосой, повторяющей рисунок серебряного орнамента в гербе города Муравленко".

Изображение флага предоставлено М.В.Ревнивцеву начальником отдела информатизации Администрации г.Салехарда И.В.Мельниковым.

Согласно тексту решения 1999 года: "Символика флага: Основным элементом флага города Муравленко являются ключи,сплетенные ушками и расположенные в стропило. Ключи имеют многогранный смысл и выражают главные особенности города, Город Муравленко вырос из поселка Муравленковский,основанного в 1984 году в связи с разработкой и освоением месторождений нефти и газа представителями разных уголков России, что и отражают сплетенные ключи, показывающие единство горожан, создавших новый город в необжитой тайге. Ключи, обращенные вниз бородками, аллегорически показываю! Упорство тружеников города в раскрытии тайн земли, ее недр. Бородки ключей в виде литеры «М»-лабирингов дополняют сказанное - лабиринты символизируют поиск, исследование, а литера "М" -первая буква в названии города. Ключи, сплетенные ушками и расположенные в стропило напоминают форму ненецкого чума, показывая место расположения города в Ямало-Ненецком автономном округе, что подчеркивает и. национальный орнамент под ключами. Белый цвет говорит о бескрайних северных просторах, а так же символ простоты,совершенства, мудрости, благородства, мира и взаимного сотрудничества. Богатства земли символически отображены цветами: голубым - природный газ, а черным - нефть. Голубой цвет в геральдике - символ чести, славы,преданности, истины, красоты, добродетели и чистого неба. Авторы флага: Юрий Сапаровский (г. Муравленко) Константин Моченов (г. Химки) Компьютерный дизайн: Сергей Исаев (г. Москва)"

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 473.

Решением городской Думы от 24 ноября 2011 года № 223 в решение от 17.05.1999 г. внесены некоторые изменения (слова "Совет депутатов" заменены на "Городская Дума", "Администрация МО город Муравленко" заменено на "администрация города Муравленко", "Мэр МО город Муравленко" заменено на "глава администрации города Муравленко").