До 2015 года в составе Московской области существовал Мытищинский муниципальный район, в его состав входили ГП Мытищи, ГП Пироговский и сельские поселения. В сентябре 2015 года все муниципалитеты в составе района упразднены и создан городской округ Мытищи.

Флаг Мытищинского района утвержден решением Совета депутатов Мытищинского района от 15 июля 1998 года №33/7. Авторы флага: Владимир Назаров (г.Москва), Константин Моченов (г.Химки), художник Роберт Маланичев (г.Москва).

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, голубого цвета с красной полосой по верхнему краю полотнища шириной 1/4 от общей ширины, и с зеленой полосой по нижнему краю полотнища шириной 1/5 от общей ширины. От нижнего края полотнища возникают три сквозные белые арки акведука, сопровождаемого в средней арке жёлтой ладьи с конской головой на носу, перекатываемой волоком на катках того же цвета. По акведуку скачет Св.Георгий, поражающий копьём и топчущий крылатого змея, все фигуры жёлтые"

Флаг разработан на основе герба Мытищинского района, утвержденного Собранием представителей Мытищинского района решением №23/2 от 18 марта 1996 года. Cимволика флага: "Слово Мытищи буквально означает место, где когда-то собирали пошлину - "мыт". Яузский путь издревле существовал в районе современного города - в гербе это отражено ладьей на катках. Край издревле славился прекрасной ключевой водой, что и позволило провести в Москву первый в России водопровод, что символизирует арки акведука, а фигура Св. Георгия, основной элемент герба Москвы, отражает то, что водопровод связывал Мытищи с Москвой. Голубой цвет отражает реку Яузу на берегах которой расположен район. Голубой цвет в геральдике символизирует мир, чистоту неба, истину, возвышенные устремления и честь. Зеленый цвет символизирует природу района. В геральдике также символ плодородия, жизни и здоровья".

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №331.

Иcпользованы материалы книги К.Моченова "Официальные символы Подмосковья", М., 2003 (спасибо В.Маркову за содействие при подготовке рисунка)

После внесения флага в Государственный регистр было принято Решение Совета депутатов Мытищинского района №40/4 от 24 февраля 1999 года "Об утверждении Положения о флаге Мытищинского района".

Решением Совета депутатов Мытищинского района №38/4 от 26 декабря 2002 года принята новая редакция Положения о флаге Мытищинского района. Описание флага сохранилось.

После муниципальной реформы Мытищинский район стал "Мытищинским муниципальным районом". Положение о флаге МО Мытищинский муниципальный район утверждено Решением Совета депутатов Мытищинского муниципального района №49/5 от 25 января 2007 года. И на этот раз описание флага было сохранено.

После преобразования Мытищинского муниципального района в городской округ Мытищи (2015) флаг района стал флагом городского округа. Это оформлено Решением Совета депутатов ГО Мытищи от 15 сентября 2016 года № 11/3 "Об утверждении Положения о флаге ГО Мытищи". Флаг так же не менялся, в новом Положении о флаге воспроизведены рисунок и описание из Положения о флаге Мытищинского района 2007 года.

"2.1. Описание флага городского округа Мытищи:
«Прямоугольное двустороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, голубого цвета с красной полосой по верхнему краю полотнища шириной 1/4 от общей ширины и с зеленой полосой по нижнему краю полотнища шириной 1/5 от общей ширины. От нижнего края полотнища возникают три сквозные белые арки акведука, сопровождаемого в средней арке желтой ладьей с конской головой на носу, перекатываемой волоком на катках того же цвета; по акведуку скачет Св. Георгий, поражающий копьем и топчущий крылатого змея; все фигуры желтые».
2.2. Обоснование символики флага городского округа Мытищи.
Флаг разработан на основе герба, который языком символов и аллегорий гармонично отражает историю развития городского округа Мытищи, его название, природные и экономические особенности. Слово "Мытищи" буквально означает место, где когда-то собирали пошлину - "мыт", Яузский путь издревле существовал в районе современного города - это отражено ладьей на катках.
Край издревле славился прекрасной ключевой водой, что и позволило провести в Москву первый в России водопровод, что символизируют арки акведука, а фигура Св. Георгия, основной элемент герба Москвы, отражает то, что водопровод связывал Мытищи с Москвой.
Голубой цвет отражает реку Яуза, на берегах которой расположен городской округ Мытищи.
Голубой цвет в геральдике символизирует мир, чистоту неба, истину, возвышенные устремления и честь.
Зеленый цвет символизирует природу городского округа Мытищи. В геральдике - также символ плодородия, жизни и здоровья.
Желтый цвет (золото) в геральдике - символ высшей ценности, прочности, силы, великодушия, солнечного света и рассвета.
Белый цвет (серебро) в геральдике - символ простоты, совершенства, мудрости, благородства, мира, взаимосотрудничества.
2.3. Авторская группа:
идея флага: Герберт Шмидт (Мытищи), Андрей Каменский (Мытищи), Владимир
Назаров (Москва), Константин Моченов (Химки);
художник: Роберт Маланичев (Москва);
компьютерный дизайн: Оксана Афанасьева (Москва).

Документ прислан В. Пермяковым