Флаг сельского поселения утвержден решением Собрания депутатов Начикинского сельского поселения от 9 февраля 2012 года № 73 (самому Положению о флаге присвоен № 06 и дата утверждения 13 февраля 2012 года) и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 7535. Описание флага:

"Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, разделенное вертикально по середине и горизонтально в отношении 4:1 на красную и белую части у древка и белую и красную части у свободного края. В середине полотнища из точки пересечения разделяющих линий - бьющий вверх двухцветный фонтан, белого цвета слева и голубого цвета справа (из герба Начикинского сельского поселения)".

Обоснование символики флага Начикинского сельского поселения.
Начикинское сельское поселение известно на Камчатке и далеко за ее пределами термальными минеральными водами, которые используются и в лечебных целях и для обогрева домов и учреждений. Эта особенность поселения стала основой флага. Символика флага многозначна:
- фонтан на фоне переменных цветов верхней части полотнища - символ термальных минеральных вод имеющих многообразное применение в жизни местных жителей. Красная половина щита - символ применения этих вод в целях обогрева, серебряная (белая половина) - символ применения вод в лечебных целях (белый цвет - цвет белых халатов врачей);
- форма фонтана в виде сердца - символизирует любовь жителей Начикинского сельского поселения к своей малой Родине, а также символизирует лечебные свойства минеральных источников, способствующих поддержанию здоровья людей;
- нижняя часть полотнища (белая и красная) - символизирует камчатскую землю, вулканическая деятельность которой проявляется выходом на поверхность горячей воды (красная половина). Отдав свое тепло людям, вода возвращается в недра холодной (белая половина).
Красный цвет - символ силы, мужества, труда, красоты и праздника.
Голубой цвет (лазурь) - символ чести, благородства, духовности; цвет бескрайнего неба и водных просторов.
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания
Авторская группа:
идея: Константин Моченов (Химки);
художник и компьютерный дизайн: Оксана Афанасьева (Москва);
обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки)".

Материалы сайта Союза геральдистов России. Текст документа прислан В. Марковым