Нанайский район образован 21 июня 1934 года еще в Дальневосточном крае. Центр района, село Троицкое, основано в 1859 году.

Флаг района утвержден 24 мая 2006 года Решением Совета депутатов №141 и внесен в Государственный геральдический регистр под № 3071. На синем полотнище изображен золотой диск солнца, на котором три черных силуэта журавлей.

"Прямоугольное полотнище синего цвета с соотношением ширины к длине 2:3, несущее в центре фигуру герба: желтый диск солнца с тремя черными силуэтами летящих ввысь журавлей. Отношение диаметра диска к ширине флага 2.5:3".

По сообщениям К.Кретовича (Chrystian Kretowicz, США), В. Маркова