Нанайский район образован 21 июня 1934 года еще в Дальневосточном крае. Центр района, село Троицкое, основано в 1859 году.

Флаг района утвержден 24 мая 2006 года Решением Совета депутатов №141 и внесен в Государственный геральдический регистр под №3071. На синем полотнище изображен золотой диск солнца, на котором три черных силуэта журавлей.

По сообщению К.Кретовича (Chrystian Kretowicz, США)