Флаг Наволокского городского поселения утверждён решением Совета Наволокского городского поселения от 16 февраля 2007 года №63 (82) и внесён в Государственный геральдический регистр под №3114. Описание флага согласно тексту Положения:

"Флаг представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, разделенное по вертикали на две одинаковые по габаритным размерам части - голубую и белую - линией, изогнутой в виде стилизованных очертаний трех плывущих и трех перекатываемых ладей".

Обоснование символики флага Наволокского городского поселения.
Флаг разработан на основе герба городского поселения, который языком символов и аллегорий отражает исторические особенности и указывает на название муниципального образования. Поселение расположено на берегу Волги. Издавна здесь, в излучине реки, во время разливов образовывались многочисленные отмели - наволоки. Наволоком назывался прибрежный участок земли, на который наносится песок и ил во время разлива; участок, выдающийся в реку, мыс.
С древних времен Волга была одним из крупнейших транспортных путей, и чтобы преодолеть наволоки, под днище кораблей подкладывались катки, с помощью которых суда переволакивались на глубокую воду, а затем шли на вёслах. Таким образом, композиция флага указывает не только на местный географический термин, ставший основой названия, но и на особенности прохождения водными торговыми караванами территории поселения.
Корабль - традиционный символ движения вперёд и развития, аллегорически символизирует и само городское поселение, с 1938 году получившее статус города. Сейчас молодой город продолжает развиваться и в своём движении по реке времени он устремлён в будущее.
Очертания фигур ладей, расширяющихся сверху вниз, напоминает бобину нитей, символически отражающую ткацкий промысел, характерный для города на протяжении многих лет.
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания.
Голубой цвет - символ красоты, безупречности, возвышенных устремлений, добродетели.

Авторская группа:
идея флага: Владимир Гуров (Иваново), Константин Мочёнов (Химки);
художник: Владимир Гуров (Иваново);
компьютерный дизайн: Оксана Афанасьева (Москва);
обоснование символики: Кирилл Переходенко (Конаково)".

По материалам сайта Союза геральдистов России