Флаг Нефтеюганского района утвержден Решением Нефтеюганской районной Думы от 29 апреля 2004 года №378 и внесен в Государственный геральдический регистр под №1436.
"3.1.Описание флага Нефтеюганского района:
«Флаг Нефтеюганского района представляет собой прямоугольное полотнище белого цвета с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее гербовые фигуры: 7 ломаных зелёных полос,достигающих боковых краёв полотнища и смещённые древку красный диск и чёрное узкое остриё».
3.2. Обоснование символики флага Нефтеюганского района.
Нефтеюганский район образован в1980 г. Основу экономической и производственной базы района составляет нефть,что аллегорически изображено остриём. На территории района были открыты и эксплуатируются крупные месторождения нефти - об этом аллегорически говорит чёрный цвет острия.
Чёрный цвет символизирует благоразумие, мудрость, свободу, покой и мир.
Шар (диск) аллегорически показывает солнце — источник тепла, мира и согласия и символизирует труд,жизнеутверждающую силу, мужество, праздник, красоту.
Геральдическая фигура ленкавица на флаге Нефтеюганского района имеет многозначную символику:
- географическое расположение района - в Обь-Иртышском междуречье, в ландшафтной зоне средней тайги. На территории района находится природно-исторический парк «Пунси»,расположенный в верховье реки Большой Салым.
- основные реки района: Большой и Малый Салым, Большой и Малый Балык, протока Юганская Обь;
- развитую транспортную схему, в которую входят авиационное, железнодорожное, водное и автомобильное сообщение.
Зелёный цвет означает экологию,стабильность, здоровье.
Белый цвет (серебро) символизирует простоту, совершенство, мудрость, благородство, мир и взаимное сотрудничество.
3.3. Авторская группа:
идея флага: Константин Мочёнов(Химки),
обоснование символики: Галина Туник(Москва),
компьютерный дизайн: Галина Русанова (Москва)".
Использованы материалы сайта Союза геральдистов России
Решением Думы Нефтеюганского района от 21 октября 2011 года №101 в Решение от 29.4.2004 г. внесены изменения, не затрагивающие внешний вид флага.